Gli organi dell'Università Politecnica delle Marche si suddividono in:
a) organi di governo; b) organi consultivi.
Sono organi di governo:
Il Rettore Il Rettore rappresenta l'Ateneo a ogni effetto di legge; recepisce, promuove e attua strategie e linee di sviluppo dell'Ateneo intese a tutelare e potenziare il perseguimento dei fini istituzionali. Emana direttive generali per l'azione amministrativa e per la gestione, definendo criteri organizzativi atti a garantire l'individuazione dei livelli ed ambiti di responsabilità. In quanto responsabile del governo dell'Università verifica la rispondenza dei risultati dell'attività amministrativa e della gestione agli indirizzi impartiti.
Il ProRettore Il Rettore sceglie, tra i professori ordinari a tempo pieno o che optino per il tempo pieno nell'assume la carica, il Pro-Rettore vicario, il quale supplisce il Rettore in caso di assenza o di temporaneo impedimento e decade alla conclusione del mandato rettorale.
Il Senato Accademico Il Senato Accademico è organo di governo dell'Ateneo. Esso è altresì organo di indirizzo, di programmazione, di coordinamento delle attività didattiche e di ricerca dell'Ateneo.
Il Consiglio di Amministrazione Il Consiglio di Amministrazione sovrintende alla gestione amministrativa, finanziaria, contabile e patrimoniale dell'Ateneo.
Sono organi consultivi il Consiglio Studentesco e il Nucleo di valutazione.
Il Consiglio di degli Studenti Il Consiglio Studentesco è l'organo di rappresentanza degli studenti a livello di Ateneo, svolge funzioni consultive ed in particolare di proposta e di controllo sulle questioni che riguardano la condizione degli studenti.
Il Nucleo di valutazione Il Nucleo di Valutazione interno ha il compito di verificare, mediante analisi comparative dei costi e dei rendimenti, la corretta ed economica gestione delle risorse, la produttività della ricerca e della didattica, nonché l'imparzialità ed il buon andamento dell'azione amministrativa. Esso costituisce un sistema di valutazione interna della gestione amministrativa, delle attività didattiche e di ricerca, degli interventi di sostegno al diritto allo studio.